Nonostante Joe disapprovi, Barry si diverte con i suoi nuovi poteri, ma un inconveniente lo spinge a dubitare delle sue capacità di supereroe. Iris (CANDICE PATTON) è incuriosita dalla "scia rossa".
Quando un prodigio della musica viene sequestrato, la sequenza di luci lampeggianti comparsa sul luogo del rapimento ricorda a Walter il suo compagno di stanza all’ospedale St. Claire.
Durante le indagini su un caso nella città natale di Rossi, la sua vita personale e quella professionale vengono a sovrapporsi.
La squadra Fringe indaga sul misterioso caso di un assassinio e di una rapida decomposizione, e scopre una figura amorfa che cerca di fare altre vittime. Walter soffre di allucinazioni.
Danny e Baez indagano su un possibile serial killer che invia un messaggio agghiacciante a Danny, mentre Erin prende in considerazione l'idea di candidarsi come giudice.