“トライアド”という一見すると無害な儀式に招かれたSG-1チームは、邪悪なゴアウルドのクロレルから友人のスカーラを救うために戦うことになる。
フランクの操縦するヘリで、貨物船に向かったデズモンドとサイード。ところがヘリは積乱雲に巻き込まれ、その衝撃がきっかけとなって、デズモンドの意識は、過去に所属していた軍隊のキャンプと現在を行き来するようになる。心配するサイードは、海岸で待つジャックに連絡を入れ、デズモンドの錯乱した様子を報告。ジャックは必死に自分の日記帳を探し始める。
キャビンの場所が分からなくなってしまったロックらは、やむを得ずジャングルの中でキャンプすることに。一方、黒煙の固まりに襲われた仲間を船に運び込んだキーミーは、船にスパイがいることを察知。初めはゴールドに疑いの目を向ける。一方フラッシュフォワードでは、高校時代のイジメられっ子のジョンがロッカーの中に閉じ込められ…。
ロック宅の電話が突然鳴り、受話器からは“コード14-J”という暗号メッセージが繰り返し流れる。敵が近づいていることを察知したベンはロックたちの協力を得て反撃を開始。ところが、戦いは悲劇的な結末を招いてしまう。一方海岸には、ある男の遺体が漂着。男の身元を知ると言うファラデーのあいまいな態度に業を煮やしたジャックは、貨物船に連絡を取るように命じる。
ソーヤーたちを招集し、「すべてを話す」と宣言したロックは、マイルズたちが島に来た本当の理由を明かす。彼らの目的はベンだったのだ。ミーティングの最後で、ベンは娘のアレックスを呼び止め、ルソーとカールと共に島に残された最後の聖域である“テンプル”へ逃げるようにと指示。一方サイードとデズモンドは、貨物船内でマイケルを発見する。
